И. честно говоря мне не попадалось что-бы к WAV файлу прилагался CUE
Мышкой захватываешь сразу трек(не порезанный) и cue.И кидаешь в окно.Справа внизу выставляешь в какую битность и вид надо перегнать.И жмёшь Конвертировать.Выходят в папку Музыка в Моём Компьютере.
Тогда вопрос,а какой прогой ты пишешь?
А зачем так сложно?Скачай простую прогу CDBurnerXP.Кидаешь туда трек+cue и она сама режет и начинает запись.Можно треки менять местами,добавлять,удалять,слушать треки.Рекомендую попробовать.